Forsan et haec olim meminisse iuvabit.

最近はもっぱらGenetics関連のpaperを読むことが増えています。
元来の思考方法の特徴とGeneticsはfitする部分もあるのですが、ほとんど勉強したことが無い分野なので、正しい解釈をするのに四苦八苦しています。

最新の解析方法に詳しい人がいれば、参考書などを教授していただけるのですが、中々いないので一人勉強しています。ある程度ちゃんと理解できるようになったら、面白い分野だろうな、と予測しつつpaperを読む日々です。

後は、paperを読むスピードが早くなれば嬉しいんですが、どうしても細部にこだわる癖が抜けなくて、一定以上早くならない自分がいます。細部を気にしつつ、同時に全体を俯瞰できるようになるのが、当面の目標です。

ようやくこちらの研究室の環境に慣れてきたところなのですが、慣れてくると体調を崩すという状態です。
色々仕事が掛け持ちになってしまって、睡眠時間が4時間取れるかどうかと言うところも厳しいところです。元来は7~8時間ぐらい睡眠時間が必要な、ロングスリーパなわけでして。
反動で、日曜日は一日中に近いぐらい寝てしまっています。よくないよなあ、と思いつつも、気がついたら布団の上とかソファの上で意識がなくなっている状態です。
こちらに来てから、唾液が出なくなるという症状に悩まされていたのですが、最近は元に戻りつつあり(戻ると枕によだれべっとりとかなのですが(苦笑))、少しは歯医者にかかる回数が減るようになるといいなあと思っています。

ここで書いている時間があったら、仕事しろとかお叱りを受けそうですが、寝落ちしそうな合間の覚醒のために書いていますので、目をつぶってやってください。

＞Ligaseについて
日本にいた頃は、TakaraのLigation kitを使用していたのですが、アレが大変偉大だということに気づきました。改良してオプティマイズしたような製品は、日本製がダントツのような気がします。
特にこちらは、shippingの環境が悪いせいもあるのかもしれませんが、研究室で通常使っているLigaseはTakaraのLiagse kitに比べたら、動かないというレベルです。
トライアンドエラーで失敗を繰り返したり、strategyの幅が狭くなってしまうことを考えると、Takaraのkitを購入してしまったほうが実は安いので、さっくりオーダーを出しておきました。
最大2週間届くのに時間がかかるというので、その間、今あるLigaseを最大限動くように色々試す予定です。
インターネットで調べると、色々先人がトライアンドエラーしている結果を手軽に探すことが出来るので、そういう意味ではいい世の中になりましたよね。

以前、フリー(一部ドネーション)で使えるソフトウェアを紹介したのですが、使っているうちに色々問題が出てきてしまって、微妙に評価が変わってしまいました。

1)Serial Cloner (Donation Software)
制限酵素サイトの指定、sequence配列に特徴を入れる、などには使い勝手がいいのですが、利用していて最大の問題が発覚。Complementalyが上手く働かないのです。
何故か、Complementaly->Reverceが一連の操作として行われてしまって、単純なComplementalyの作業ができません。これは、致命的に使いにくいです。Primerを頼もうとしてはまりました…。
登録されている制限酵素の種類が多いのと、Sequence配列に特徴を入れるのは使いやすい方だと思うので、その2点に絞って使おうかと考え中です。

2)ApE(フリーウェア)
前回紹介しようかかなり悩んだのですが、Serial Clonerと機能がかぶっていて、Serial Clonerの方が機能が上だと思っていたので、紹介をしませんでした。
このソフトもほとんど、同じように使えるのですが、登録されている制限酵素の種類が少ないので、自分で追加で加えていかないとならないのですよね。
本家で配布していればいいのですが、配布してなかったような……。
かなり基本的なものしか登録されていないので、制限酵素マップを作るのには向いていないと思います。
どこかのソフトウェアからとか抽出して、導入することができるのかなあ。
このソフトの、Complementalyは普通に働くので、Primer作成などは専らこちらでやることになりそうです。

・結論
Serial Cloner, ApE, Bioeditの3つを組み合わせて使って、Vector NTIにしかない機能を使う時にはそちらを使うことになりそうです。ApEにSerial ClonerやBioedit並みの制限酵素を登録できたら、メインがApEになりそうです。

1.遺伝子解析ソフト
1)Serial Cloner (Donation Software)
アライメントがよくて、安定していればドネーションします。
というぐらい使い勝手がいいです。Win7対応をうたってはいるのですが、ちょっと重い作業に移ると落ちる。
アライメントは長いのと短いので合わせると合わないなど、の問題があります。
それ以外は、かなり使い勝手がいいと思います。

2)CLC Sequence Viewer
テキストファイルとして情報を吐き出さないところがちょっと扱いづらい。
よく使う制限酵素サイトのリストを作るのに使ったり(これは一度きり)、短い配列のアライメントに使用しています。

3)Bioedit
評判がいいソフトらしいですが……。GENETYXMACを使い慣れていたので、どのソフトもいまいちに見えますね。
これはどの制限酵素サイトが、どの位置にあるのか書き出すためだけに使っています。今のところ。
制限酵素サイトは、どこから切れるのか塩基上に示されないので使い勝手がいまいち。

4)SofTalk
文章読み上げソフトです。GENETYXなどの有料ソフトには、遺伝子配列の読み上げ機能がついているのですが、フリーのソフトでついているものはついに発見することができませんでした。
最初は、Excleの読み上げ機能を利用しようと思ったのですが、速度が速すぎるので、速度が自由に調整切るこのソフトに落ち着きました。ほかにいいソフトがあれば、そちらに乗り換える予定。

5)VetorNTI
職場にインストールされているのがこれなのですが、いかんせん使い勝手がよろしくない。
長い塩基配列のアライメントを安定してできるので、その点にだけ使用しています(なんか目的が違う…)。

2.Win7を快適に利用するためのカスタマイズ
1)フォルダのアイコンを変更
という名前のフリーソフトウェアです。アイコンを右クリックで変更できるようになるので、Macで重要なフォルダをラベルしていた自分にはとても便利なソフトです。フォルダだけではなくファイルバージョンも見つけたいですね。

2)Desktop Vertical Calender
上と同じサイトで開発しています。邪魔にならないカレンダーで便利。
ただ、インストールがうまくいかない時もあります。対応がXPまでだから仕方ないですね。
64bit版まででは、きちんと動いた場合、カレンダーの種類を変更できません。またビデオカードの影響を受けます。

3)Vista Filip 3D Activator
四隅のどこかにマウスを持って行っただけで、フリップ3Dを実行できるようになるソフトです。
ページはマウスホイールやTabキーでぱらぱらとめくることができます。
たくさんのウインドウを開いて作業する人には便利かと。ちなみにこれ入れても、ちゃんと「win＋Tab」は効くのでご安心を。