Forsan et haec olim meminisse iuvabit.

以前、フリー(一部ドネーション)で使えるソフトウェアを紹介したのですが、使っているうちに色々問題が出てきてしまって、微妙に評価が変わってしまいました。

1)Serial Cloner (Donation Software)
制限酵素サイトの指定、sequence配列に特徴を入れる、などには使い勝手がいいのですが、利用していて最大の問題が発覚。Complementalyが上手く働かないのです。
何故か、Complementaly->Reverceが一連の操作として行われてしまって、単純なComplementalyの作業ができません。これは、致命的に使いにくいです。Primerを頼もうとしてはまりました…。
登録されている制限酵素の種類が多いのと、Sequence配列に特徴を入れるのは使いやすい方だと思うので、その2点に絞って使おうかと考え中です。

2)ApE(フリーウェア)
前回紹介しようかかなり悩んだのですが、Serial Clonerと機能がかぶっていて、Serial Clonerの方が機能が上だと思っていたので、紹介をしませんでした。
このソフトもほとんど、同じように使えるのですが、登録されている制限酵素の種類が少ないので、自分で追加で加えていかないとならないのですよね。
本家で配布していればいいのですが、配布してなかったような……。
かなり基本的なものしか登録されていないので、制限酵素マップを作るのには向いていないと思います。
どこかのソフトウェアからとか抽出して、導入することができるのかなあ。
このソフトの、Complementalyは普通に働くので、Primer作成などは専らこちらでやることになりそうです。

・結論
Serial Cloner, ApE, Bioeditの3つを組み合わせて使って、Vector NTIにしかない機能を使う時にはそちらを使うことになりそうです。ApEにSerial ClonerやBioedit並みの制限酵素を登録できたら、メインがApEになりそうです。